Handelt es sich um diesen Allergietyp, dann werden körpereigene Zellen, die sich sozusagen mit körperfremden Teilchen ( den so genannten Haptenen oder Halballergenen ) aufgeladen haben. Eine wichtige Rolle spielen die Immunglobuline G und M, welche die veränderten Zellen sofort angreifen und allmählich zerstören. Bekannt bei der Typ II - Allergie ist der Schwund der weißen Blutkörperchen, auch Agranulozytose genannt, die jedoch oft in Verbindung mit einer Medikamentenallergie vorkommt.

Ein noch weiteres bekanntes Beispiel ist die Blutgruppen – Unverträglichkeit. Dies bedeutet, dass wenn einem Empfänger, der die Blutgruppe A hat, eine Blutkonserve einer Blutgruppe B verabreicht wird, so werden die Blutzellen der Gruppe B sofort als fremd anerkannt und sogleich zerstört. Dieser Vorgang kann so schnell funktionieren, da der Körper entsprechende Antikörper bereit hält, die sich innerhalb von Minuten an die fremden Blutkörperchen ankuppeln und die Hämolyse einleiten. Eine Hämloyse bedeutet, dass die roten Blutkörperchen zerstört werden, indem sie aufgelöst werden.